Do Przasnysza bernardynów sprowadził Paweł Kostka, chorąży ciechanowski, brat św. Stanisława. W 1586 r. uzyskał on od papieża Sykstusa V pozwolenie na sprowadzenie zakonników i przekazał im na tymczasową siedzibę, chylący się ku ruinie, kościół św. Jakuba wraz z poszpitalnym budynkiem. Uroczyste wprowadzenie zakonników, przybyłych z konwentu bydgoskiego, miało miejsce 5 X 1588 r. Początkowo w klasztorze zamieszkało ośmiu zakonników, ale już w 1590 r. było ich szesnastu. Paweł Kostka od razu przystąpił do budowy okazałego, murowanego kościoła i klasztoru. Poszerzył parcelę przy kościele św. Jakuba wykupując sąsiednie domy i place od mieszczan. Jednonawowy kościół otrzymał styl późnego gotyku. Przed 1607 r. z funduszów Elżbiety Mostowskiej, skarbnikowej ciechanowskiej, dobudowano do kościoła od strony południowej kaplicę św. Anny. Kościół otrzymał wezwanie św. Jakuba i św. Anny. Jednopiętrowy klasztor ukończono w 1637 r. Miedzy klasztorem, a prezbiterium stanęła okazała wieża. Niewykończony całkowicie kościół został poświęcony w 1620 r., a w 1635 r. konsekrowany przez sufragana płockiego Stanisława Starczewskiego. Prace wykończeniowe przy kościele ciągnęły się aż do 1671 r. Tak, jak wszędzie i tu bernardyni zajmowali się duszpasterstwem, przede wszystkim we własnym kościele, byli także spowiednikami przasnyskich bernardynek oraz obsługiwali ich kościół.
W 1790 r. bernardyni założyli przy klasztorze, cieszącą się renomą, szkołę męską, złożoną z trzech klas. W Przasnyszu istniało z przerwami studium teologii oraz klasztorna biblioteka. W 1772 r. przeniesiono z Warszawy do Przasnysza nowicjat. Bernardyni w Przasnyszu przebywali do 1864 r. Po powstaniu styczniowym przy Komitecie Urządzającym ustanowiono Komisję do spraw klasztorów rzymsko-katolickich. Ta stwierdziła jawny udział konwentu z Przasnysza w powstaniu, co doprowadziło do natychmiastowego jego zamknięcia (29 XI 1864 r.). Spośród 16 zakonników przebywających wówczas w klasztorze, część trafiła do więzień, część wyjechała zagranicę bez prawa powrotu, resztę skierowano do jednego z 12 zachowanych konwentów. Obiekt przekazano w administrację Walerianowi Wojciechowskiemu, jedynemu zatrzymanemu w Przasnyszu bernardynowi, a po jego śmierci przeszedł on w ręce księży świeckich. Część biblioteki klasztornej wywieziono do seminarium diecezjalnego w Płocku, część uległa rozproszeniu. W czasie I wojny światowej obiekty te były wielokrotnie niszczone. Od 1916 r. prace konserwatorskie przy nich prowadzili z ramienia Opieki nad Zabytkami Przeszłości Kazimierz Skórewicz i Kazimierz Tołłoczko.
W 1923 r. kościół i klasztor otrzymało Zgromadzenie Męki Jezusa Chrystusa – pasjonistów. Kontynuowali oni odbudowę kościoła i klasztoru ze zniszczeń wojennych. W czasie II wojny światowej część zakonników wywieziono do obozu w Działdowie i tam ich zamordowano. Niemcy kościół zamienili na spichlerz, a budynki klasztorne na szpital i więzienie. Rozebrali też zabytkowe ogrodzenie z XVIII w. i kapliczkę – rotundę św. Wawrzyńca z 1615 r. Po wojnie kościół był wielokrotnie remontowany. 26 IX 1982 r. stał się ośrodkiem parafii św. Stanisława Kostki.
